1965年2月，行政院國際經濟合作發展委員會組成「籌設加工出口區臨時小組」。同年3月，經濟部設立「高雄加工出口區籌備處」。

當時加工出口區選擇設置在高雄，設置經費仰賴延續美援的中美基金與銀行貸款，作為興建辦公大樓、各種公共設施、倉庫與宿舍等費用。1966年高雄加工出口區接受設廠申請，至1968年底已超過原本的計劃目標，所興建的廠房已全部售出，也無空餘土地。在此背景下，又陸續增建楠梓和臺中加工出口區。

加工出口區制度的特點為單一窗口服務，由經濟部所屬管理處接受相關部會單位的授權。也就是說，業者從設立到出貨，都可以在加工出口區內完成，可以節省奔波於行政機關的成本。此外，內部還設有銀行、海關、稅捐單位的分支機關。而出口區的廠商除了可享受全國性的獎勵投資條例、促進產業升級條例、外國人投資條例、華僑回國投資條例外，還擁有各種原物料與設備等免進口稅捐和貨物稅等，還有部分出口稅捐和營業稅的優惠。在此背景下，得以吸引廠商前來投資。

參考資料：
葛震歐，《加工出口區的創設》（臺北：聯經出版社，1983）。
經濟部加工出口區管理處，《中華民國加工出口區三十年來之回顧與前瞻》（高雄：經濟部加工出口管理處，1996）。